Un primo riferimento alla chiesa di Sant’Antonio si ritrova nella Santa Visita effettuata nel 1522 dall’Arcivescovo di Otranto, Mons. Fabrizio De Capua. Nel relativo verbale è scritto che “il giorno 16 di ottobre del 1522, il Reverendo signor Vescovo e vicario si porta nel casale di Calimera e visitando per prima la Chiesa matrice trova l’Eucarestia allestita alla maniera dei greci… Nello stesso predetto giorno si porta nella chiesa di Sant’Antonio, sprovvista di cappellano.
Nella Santa Visita del 9 luglio 1608, di Mons. Lucio de Morra, si ha la descrizione della chiesa, che intanto è stata arricchita di due altri altari dedicati a S. Maria della Grazia. Proprio l’altare di Sant’Antonio è il più povero fra i tre esistenti; è nudum et despoliatum mentre gli altri due, dedicati alla B.V. Maria, sono ben forniti di paramenti e di ex voto. Nei primi decenni del XVII secolo, il titolo di Santa Maria della Grazia (o delle Grazie) ha sostituito quello di Sant’ Antonio, che non era Sant’Antonio da Padova, ma Sant’Antonio Abate, nel nome del quale è stato fondato l’Ordine degli Ospedalieri (da qui, l’Hospitale, adiacente alla chiesa di S. Antonio).
L’edificio di culto subì ripetute modifiche nella forma e nella dimensione. Nel 1710 si ebbe un rifacimento a cura del V arciprete di rito latino, Paolo Oronzo Dianoti (1659-1741), come inciso sull’architrave della porta di ingresso
Nel 1741, don Marino Licci (1697-1778), Dottore della Sacra Teologia, VI Arciprete di rito latino, succeduto allo zio Paolo Oronzo Dianoti, seguì i lavori della profonda ristrutturazione della chiesa, completati a metà del Settecento, come riportato nella seconda delle iscrizioni sulla facciata.
L’intervento e la dotazione furono possibili grazie al lascito del defunto Don Brizio Montenaro. L’aspetto della chiesa era completamente mutato, tanto da far registrare da Mons Orsi nella S Visita del 1755 che l’Arcivescovo visitavit cappellam sub tituli S.M. Gratiarum, erectam ex devotione Domini Britii Montenaro
Don Marino Licci, morto nel 1778, fu seppellito nel cimitero sottostante, dal quale proviene la lastra incisa recuperata durante i lavori di restauro novecenteschi che portarono all’arretramento per circa un metro della facciata della chiesa
Alla metà del Settecento risale la tela della Visitazione, recentemente restaurata. La presenza della tela portò poi al nuovo titolo, prima riferito all’altare (“Cappella S. Antonii in quo est Altare sub titulo B.M.V. Visitationis”), e poi alla chiesa. (come scrisse l’Arcivescovo V.zo A. Grande che nel 1839 si recò in visita nella “Cappella Visitationis B.M.V., vulgo S. Antonii”).
Durante il recente restauro, nella parte destra inferiore della tela sono ricomparse l’indicazione della data di realizzazione ed il riferimento alla committenza:
