Le prime notizie sulla chiesa Matrice si ricavano dal verbale della Santa Visita del 16 Ottobre 1522, di Mons. Fabrizio De Capua, arcivescovo di Otranto. L’Eucarestia era conservata more græcorum, alla maniera dei greci, ed era greco il prete Athanasio. La chiesa greca, che alla fine del Quattrocento aveva tre altari, del SS Sacramento, di S. Brizio, della Beat.ma Vergine del Rosario, era stata dedicata a San Brizio, vescovo di Tours, diventato nel 1500 santo Patrono di Calimera.
Alla fine del XVI secolo la popolazione era aumentata, anche per l’arrivo della gente mandata via da Roca, e la chiesa fu ampliata. Era a croce latina, aveva due navate e cinque altari, perché si aggiunsero l’Altare della Resurrezione e quello di Santa Maria della Misericordia. Il completo rifacimento della chiesa, avvenuto alla fine del XVII secolo, testimoniato nei cartigli presenti sulla facciata, le diede la forma attuale, con un’unica navata. Il numero degli altari fu portato ad undici, per poi essere ridotto a nove, odierna consistenza.
A DIO OTTIMO MASSIMO ESSENDO ROVINATO PER IL TRASCORRERE DEL TEMPO E SOFFRENDO PER L’ANGUSTIA DELLO SPAZIO, L’ORIGINARIO TEMPIO DI DIRITTO DI PATRONATO DELLA POPOLAZIONE
MOLTO GRANDE E COMPLETO NUOVAMENTE A SUE SPESE, SOTTO LA PROTEZIONE DI SAN BRIZIO DEDICA E CONSACRA QUESTO POPOLO NELL’ANNO DEL SIGNORE 1688
Nei due cartigli ai lati della porta maggiore è ricordata la ricostruzione del tempio alla fine del Seicento. La popolazione di Calimera conservava lo jus patronatus (con il diritto di dare indicazioni per la nomina del parroco ed il dovere di provvedere alle necessità della chiesa)
ECCO IL RIFUGIO E ANCHE LA FORTIFICAZIONE ONDE LA PROTEZIONE DI QUESTO POPOLO 1692
Sul lato esterno della parete absidale fu incastonato, in occasione della ristrutturazione della fine del Seicento, un altorilievo in pietra leccese che rappresentava un vescovo con la mitria dei primi secoli. Molto probabilmente si tratta di San Brizio, che indossa un copricapo analogo nell’affresco sull’altare a lui dedicato all’interno della chiesa.
Il barocco portò l’arricchimento decorativo degli altari. La chiesa fu dotata di un organo ed aveva al suo interno il cimitero ipogeo, composto da nove vani coperti da volte a botte.